Арка 1.
Действие начинается с того момента, когда Наруто приходит к одному из величайших преступников сего времени и начинает с ним разговор об их учителе – Нагато, выслушав его, вспоминает все то, к чему когда-то стремился сам и решает неожиданно для всех поверить в юного шиноби. Ценой своей жизни он воскрешает всех жителей деревни Скрытого Листа, в том числе и учителя Наруто – легендарного саннина Джираю, а также высвобождает хвостатых и возвращает их в бывшие тела. Конан, спутница Нагато, забирает его тело и относит в страну Дождя, Узумаки возвращается домой, все Джинчуурики спешает в родные деревни, чтобы обговорить произошедшее с Каге.

Страна Огня. Конохагакуре-но Сано.

После того, как Пейн полностью разрушил всю деревню, жители начали потихоньку восстанавливать её. Хотя это и не так просто сделать, но с ними Дух Огня, поэтому они не сдаются и прикладывают к этому все свои силы. В частности, большую помощь оказал Ямато, благодаря своим техникам леса. Наруто возвращается в Коноху и его встречают как Героя. Теперь его не избегают как раньше, а наоборот, уважают и поддерживают. Цунаде тем временем готовится к собранию пяти Каге, которая состоится в Стране Железа.

Страна Ветра. Сунагакуре-но Сато.
Суна тщательно следила за последними новостями об "Акацуки". Все это время там было тихо и спокойно. Однако, совсем недавно произошло какое-то странное событие с Каге - на днях он себя плохо чувствовал, а после этого заметил, что в нем опять сидит запечатанный демон Шукаку. Это событие заставило всех очень серьёзно задуматься о том, что же произошло. Однако, Гаара сам догадывался, что это дел рук Наруто. Скорее всего, ему удалось победить Пейна из-за чего и произошли такие изменения. С этого времени, Гаара начал серьёзно учится контролировать своего биджу, чтобы в дальнейшем не возникло проблем. Ему также прислали весточку о собрание Каге.

Страна Воды. Киригакуре-но Сато.
В стране Тумана тоже все тихо. Однако, последние новости крайне удивили Каге. Ей стало известно, что некий мальчик смог одолеть лидера "Акацуки". Но все же она не стала радоваться, потому что понимала, что это ещё не конец. До неё дошли слухи, что все Джинчурики воскресли. Только неизвестно, где какой на данный момент находится. Не долго думая, она приказала найти Утакату и доставить обратно в деревню. Также, она попросила приготовится лучшим шиноби фуиндзюцу, что бы запечатать Санби в одно из тел шиноби. Пока не выбрано, кто им будет.

Страна Грома. Кумогакуре-но Сато.

В стране Грома все "вверх тормашками". Жители деревни озадачены пропажей брата Райкаге и по совместительству Джинчурики, еще, в довесок, из Кумо сбежал джоннин, бывший АНБУ. Ведутся активные поиски, но пока все безуспешно. Ниндзя Облака известно, что поймал Хачиби Саске, который раньше находился в Стране Огня. Именно туда Райкаге отправил группу шиноби, которая должна разузнать все про него. Не желая сидеть на месте и ждать, пока "Акацуки" схватят всех биджу, Райкаге решил созвать собрание всех пяти Каге, который должен состоятся в Стране Железа.

Страна Земли. Ивагакуре-но Сато.

В этой деревне тишь да гладь. Никаких происшествий не происходило, однако новости об "Акацуки" заставили Каге отправить две группы шиноби на поиск оживших Джинчуурики. А сам старичок отправляется на собрание пяти Каге.

Организация "Акатцуки"

После того, как Мадара узнал о том, что сделал Нагато, он сильно разозлился. Его план "Око луны" в буквально смысле рухнул на глубокое дно и теперь ему предстоит собирать всех Джинчурики заново. Однако, к нему пришел Кабуто с выгодным предложением. Новый Орочимару согласился помочь Мадаре при условии, что тот отдаст ему Саске. И для того, что бы подтвердить свои силы, он воскрешает с помощью техники "Эдо Тенсей" всех "Акацуки", которых убили ранее. Немного подумав, Мадара соглашается, но отдаст он Саске только после того, как захватит всех Биджу заново. С помощью техники "Изанаги", он полностью воскрешает всех и дает им вдохнуть жизнь.
Этим временем, он приходит к оставшимся и говорит о своих планах: Кисаме он посылает, что бы тот поймал Хачиби и дает ему своего бывшего напарника, Итачи. От Саске он все скрыл и ничего ему не рассказал. Вместе с "Така", Мадара собирается на собрание Каге, что бы убить там всех, кто будет присутствовать, используя Саске как марионетку.